Po powrocie do Anglii kontynuował badania w John Innes Research Institute w Bayfordbury, stosując opanowane w Kalifornii nowe techniki badawcze (chromatografia bibułowa, spektroskopia UV-VIS). Uczestniczył w realizacji programu Potato Genetics, m.in. identyfikując grupy cukrowe w cząsteczkach nowo odkrytych antocyjanów ziemniaka (w tym di- i trisacharydów). Wyjaśnił genetyczne mechanizmy biosyntezy kilku nowych antocyjanidyn. Rozpoczął również prace ukierunkowane na zastosowania flawonoidów jako markerów taksonomicznych. Badania te kontynuował w University of Liverpool, w ramach projektu Umbelliferae, a następnie w Reading University. Poza chemotaksonomią i badaniami flawonoidów w zakres zainteresowań J. Harborna i jego współpracowników wchodziły fitoaleksyny oraz inne problemy ekologii biochemicznej, np. biochemia zapylania.
Publikacje (wybór) Wykaz opublikowanych prac naukowych J. Harborna obejmuje ponad 400 pozycji, w tym 30 książek (autorstwo, współautorstwo lub redakcja), m.in.: