W ciągu wieków w skład kompleksu klasztornego wchodziło 12 podświątyń.
Około 1655 roku spotkał się z opatem i mnichami tego klasztoru chiński mistrz chan Yinyuan Longqi (1592–1673), późniejszy założyciel szkoły ōbaku.
W okresie Meiji, po antybuddyjskich dekretach władz, mnisi zmuszeni zostali do sprzedaży części gruntów klasztornych i kompleks się zmniejszył. W XX wieku doceniono wartość Nanzen-ji, zwłaszcza Wielkiej i Małej Kwatery Opata (jap. Kohōjō), pochodzących z początków okresu Edo, które zostały uznane za skarby narodowe kultury japońskiejMiejsca święte: Kioto. s. 148..
Architektura klasztoru i jego obiekty Nanzen-ji powstał w dość typowy dla wczesnych klasztorów zen sposób, poprzez konwersję np. z pałaców czy willi cesarskich lub należących do arystokracji. Dlatego też były szczytem artystycznego wyrafinowania. Do tego cieszyły się one wyjątkowymi względami cesarzyHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 222..
Nanzen-ji jest klasycznym przykładem tak poczętego klasztoru. Zajmuje wielką powierzchnię a cały kompleks jest jednym z najwspanialszych w Kioto. Zawiera wszystkie budynki wymagane w klasztorze: Budynek Buddy, Budynek Dharmy (hattō), Budynek Mnichów (jap. sōdō) itd. i wiele innych.