Właściwie wszystkie w różnych okresach uległy pożarom i były rekonstruowane według dawnych planów.
Jednym z mnichów Nanzen-ji był Kaō (zm. ok. 1345), który po okresie praktykowania chanu i malarstwa w Chinach powrócił do Japonii i nawet został opatem tego klasztoru. Pozostało po nim kilka malowideł. Jego ulubionym tematem było obrazowanie dwóch słynnych mnichów chińskich Hanshana i ShideHeinrich Dumoulin. Zen Buddhism: a History. Japan. s. 234..
Od strony zachodniej rozpoczyna się pasaż prowadzący do głównych zabudowań kompleksu, przedzielony bramami. Pierwszą z nich jest Chokushimon (Brama Posłańców Cesarskich), która związana była z ceremoniami wprowadzenia nowego opata klasztoru. Również w niej przyjmowano wysłanników cesarskich. Brama pochodzi z 1641 roku i została ofiarowana przez cesarzową MeishōMiejsca święte: Kioto. Str. 148..
Brama sanmon pochodzi z 1628 roku i jest potężną dwupiętrową konstrukcją, co wskazywało na pierwszorzędne znaczenie kompleksu. Posiada trzy wejścia, które symbolizują trzy ścieżki do osiągnięcia oświecenia. Są to: brama pustki (jap. kūmon), brama negacji formy (jap. musōmon) i brama negacji ślubowań (jap. muganmon). Na drugim piętrze znajdują się buddyjskie posągi.