Przez 4 lata spędzone w Konserwatorium ojciec miał dobre stosunki z Arriagą, lecz zaangażowanie Arriagi w studia w Konserwatorium i jego popularność wzrosła, z powodu komplementów i obietnic nauczycieli, do tego stopnia, że mogła mieć wpływ na jego zdrowie. Juan de Arriaga Crisóstomo zmarł w Paryżu na dziesięć dni przed skończeniem 20 lat na dolegliwości płuc (prawdopodobnie gruźlicę lub po prostu z wyczerpania). Został pochowany w nieoznaczonym grobie na Cimetière du Nord w Montmartre.
Muzyka Utworów Arriaga, które przetrwały do dzisiaj jest niewiele, po części z powodu jego przedwczesnej śmierci, m.in.: Opera: Arriaga napisał operę Los esclavos felices (Szczęśliwi Niewolnicy) w roku 1820, kiedy miał 13 lat. Została napisana w Bilbao, przetrwały tylko Uwertura i niektóre fragmenty. Symfonia: Arriaga skomponował symfonię w tonacji D (Sinfonía a gran orquesta). Nie wiadomo jednak, czy D-dur, czy d-moll, ze względu na to, że używa ich naprzemiennie. Kwartety smyczkowe: Arriaga w wieku 16 lat napisał trzy kwartety smyczkowe, opublikowane w 1824.