System walki doczekał się znaczących zmian względem poprzednich odsłon, a ważnym jego elementem stała się szermierka. Nowości wprowadzono także w systemie skradania się, m.in. poprzez dodanie możliwości ręcznego przełączania się w tryb kucania i korzystania z widmowych ostrzy – wariacji charakterystycznego dla marki ukrytego ostrza – których można używać jako cichej minikuszy. Liniowe misje skrytobójcze z poprzednich części zastąpiono misjami projektu nazwanego przez twórców „czarną skrzynką”, dającego więcej swobody odnośnie do tego, jak wyeliminować cel. Postać przed dokonaniem zabójstwa może zbadać teren, znajdując alternatywne punkty wejścia i sposoby na wywołanie zamieszania, co pozwala wybrać najbardziej pasujące graczowi podejście. Przemieszczanie się zostało usprawnione poprzez wprowadzenie „swobodnego biegu” i „swobodnego opadania”, co pozwala postaci łatwiej wspinać się na budynki w dowolnym kierunku, jak również szybciej dostawać się na sam ich szczyt, a z dachu na ziemię. Znacząco zwiększyła się liczba mieszkańców, co pozwoliło na dodanie nowych interakcji z tłumem, których postać może się podjąć bądź zignorować je.