Obszar działania i struktura Batalion „Znicz” działał na terenie trzech województw, głównie na terenie powiatów: w województwie warszawskim: działdowskiego, mławskiego, ciechanowskiego i sierpeckiego, w województwie pomorskim: brodnickiego, lubawskiego i rypińskiego, oraz w województwie olsztyńskim: nidzickiego i ostródzkiego.
Dowódcą Batalionu „Znicz” był kpt. Paweł Nowakowski „Leśnik”, „Łysy”. W skład sztabu batalionu weszli: Bernard Naworski „Magister” (zastępca dowódcy), Ignacy Karpiński „Wańka” (odpowiedzialny za łączność), Bernard Zieliński „Sęp”, Leon Ziółkowski „Lis” oraz ppor. Stanisław Balla „Sowa” (kierujący „akcją czynną” i dowódca największego oddziału partyzanckiego wchodzącego w skład Batalionu „Znicz”).
W związku z rozległymi terenami, na których działał, Batalion „Znicz” miał nietypową, w porównaniu z innymi oddziałami tego okresu, strukturę organizacyjną. W pierwszym roku działalności nie powstawały w oparciu o tę strukturę obwody (powiaty) i placówki (gminy). Kapitan Nowakowski podporządkował swojemu dowództwu kilka oddziałów partyzanckich, liczących w sumie około 350 żołnierzy ROAK, działających jawnie z bronią w ręku, w polskich mundurach wojskowych. Powołano luźną strukturę będącą zapleczem dla tych oddziałów.