Przebudowy miały przede wszystkim charakter rezydencjonalny i nie oznaczały całkowitego zastąpienia średniowiecznego korpusu nową budowlą.
Znacząco przekształcono również północno-zachodnią wieżę narożną. Jej górną partię podwyższono i uformowano na planie ośmioboku, nakrywając ją wysokim hełmem. Według źródeł wieża mogła osiągać około 60 m wysokości, a na początku XVII wieku była wyposażona w zegar. Panorama Lubawy z drugiej połowy XVII wieku przechowywana w kościele w Lipach ukazuje zarówno tę wieżę, jak i przekształcone w duchu renesansowym zwieńczenia zamku.
Zamek ucierpiał podczas potopu szwedzkiego. Kolejne prace remontowe przeprowadzano w późniejszym XVII wieku, a nowożytne inwentarze z XVII i XVIII wieku stanowią podstawowe źródło do odtworzenia jego ówczesnego wyposażenia i funkcji.
Upadek i rozbiórka Po I rozbiorze Polski i zmianie warunków politycznych znaczenie zamku malało. Utrzymanie rozległej, częściowo już przestarzałej rezydencji stawało się coraz trudniejsze, a pod koniec XVIII i na początku XIX wieku rozpoczął się proces jej opuszczania i rozbiórki.