Kolejne sezony pogłębiają i komplikują sprawę morderstwa matki Kate.
W odcinku „47 sekund”, Beckett wyjawia podczas przesłuchiwania podejrzanego, że pamięta każdą sekundę z postrzelenia ją w momencie przemówienia na pogrzebie Montgomery'ego, nie zdając sobie sprawy, że Castle stoi za lustrem weneckim. Relacje między współpracownikami ulegają znacznemu pogorszeniu. Richard jest zły na Kate, że tak długo to ukrywała. Jednak w ostatnim odcinku czwartego sezonu Beckett przychodzi do mieszkania Castle’a mówiąc mu, że po ich kłótni, podczas której Castle wyznał jej miłość, była na progu śmierci, myślała tylko o nim, a potem całuje pisarza. Od tamtej pory Richard i Kate ukrywają swój związek, aby nie mieć problemów w pracy. O prawdzie dowiaduje się w odcinku „Morderstwo” napisał dowiaduje się detektyw Ryan, który pomaga parze w rozwiązaniu sprawy, ale postanawia zachować to dla siebie i szanować ich prywatność. Następnie o zażyłości dowiadują się detektyw Esposito, którego informuje Ryan oraz dr Lanie Parish, której zwierza się Beckett. W odcinku „Still” kapitan Gates ujawnia, że wie o relacji łączącej Castle’a z Kate, ale prosi ich aby zachowywali profesjonalizm w pracy.