Askia nie wykorzystał jednak szansy uderzenia na wycieńczoną armię. Został on zaskoczony pojawieniem się wojsk nieprzyjaciela tak blisko stolicy, przewidywał bowiem, że Marokańczycy uderzą najpierw na Timbuktu. Ishak II rozesłał do podległych plemion posłańców z wiadomością o inwazji, zostali oni jednak zabici przez wrogich Songhajowi Tuaregów. Brak przygotowania do obrony tłumaczyć można głównie przeświadczeniem przywódców państwa o niemożliwości przemarszu armii przez tereny pustynne.
Bitwa pod Tondibi Siły Dżaudara skierowały się w stronę stolicy Songhaju – Gao. Askia przeprowadził dwukrotne rozpoznanie walką swojego przeciwnika. Wiedział stąd o liczebności armii nieprzyjaciela, szacowanej na 2500–3000 ludzi, oraz o używanej przez niego broni. Pojawienie się sił paszy tak blisko stolicy zaskoczyło Songhajczyków, którzy spodziewali się, że najeźdźcy uderzą najpierw na Timbuktu. Askia postanowił pokonać wroga w walnej bitwie dzięki przytłaczającej przewadze liczebnej. Zebrał armię liczącą, według różnych szacunków, ogółem 25 tysięcy ludzi lub też 30 000 pieszych i 12 500 konnych. Strony starły się 12 marca 1591 w zaciętej bitwie na pastwiskach w pobliżu miejscowości Tondibi. Toczyła się ona ze zmiennym szczęściem od 9 rano do 15.