Oświadczył on zgromadzonym, że zostali zatrzymani w charakterze zakładników i jeżeli powstanie nie upadnie w ciągu trzech dni, wszyscy zostaną rozstrzelani. Ponadto zapowiedział, że za każdego Niemca zabitego przez powstańców dokonywane będą egzekucje Polaków. Następnie mężczyzn odseparowano od kobiet i dzieci, po czym obie grupy ulokowano w różnych blokach koszarowych. Większość kobiet i dzieci zwolniono wieczorem następnego dnia.
Więzienie w Stauferkaserne funkcjonowało mniej więcej do połowy września 1944 roku, choć wielu Polaków przetrzymywano w koszarach aż do początków października. Po dłuższym lub krótszym pobycie w Stauferkaserne więźniowie byli zazwyczaj kierowani do obozu przejściowego w Pruszkowie lub innych punktów zbornych utworzonych przez Niemców dla wypędzanej ludności Warszawy.
Po 10 września 1944 roku radzieckie lotnictwo rozpoczęło bombardowanie koszar we wschodniej części ul. Rakowieckiej.
Po upadku powstania Niemcy 3 listopada 1944 roku spalili Archiwum Akt Nowych znajdujące się w gmachu Szkoły Głównej Handlowej. Zniszczeniu uległo 95% zasobów archiwum.
Po wojnie 22 stycznia 1946 roku wznowiono kursowanie tramwajów wzdłuż ulicy na odcinku pomiędzy ulicą Puławską a pętlą „Kielecka”, po torowisku przebudowanym do rozstawu szyn 1435 mm.