Podczas II Wojny Światowej W listopadzie 1939 Niemcy zajęli budynki Uczelni i zaczęli grabież mienia. W pierwszym budynku przy ul. Rakowieckiej (”gmach chemii”) utworzono filię Rolniczego Zakładu Badawczego w Puławach (przemianowany później na Doświadczalny Instytut Rolniczy Generalnego Gubernatorstwa), do którego włączono Instytut Przemysłu Fermentacyjnego i Bakteriologii Rolnej przy Muzeum Przemysłu i Rolnictwa oraz niektóre zakłady SGGW. Drugi, nowy gmach przy ul. Rakowieckiej zajęło wojsko niemieckie. Do pierwszego gmachu SGGW zwieziono mienie zakładów z budynku przy ul. Hożej i z Instytutu Przemysłu Fermentacyjnego mieszczącego się przy Krakowskim Przedmieściu. Kierownikiem filii został prof. Wacław Dąbrowski; znalazło tu zatrudnienie wielu dawnych pracowników SGGW. Majątek SGGW w Skierniewicach także należał teraz do Instytutu Puławskiego, kierował nim prof. Emil Chroboczek, pracował tu także m.in. prof. Edmund Malinowski.