W okresie okupacji Szkoła kontynuowała tajne nauczanie, obejmujące także Wydział Ogrodniczy. Odbywało się ono w ramach zalegalizowanego przez okupanta średniego szkolnictwa ogrodniczego oraz w postaci samodzielnych tajnych kompletów. Do tej działalności została włączona m.in. Miejska Szkoła Ogrodniczo–Rolnicza przy ul. Opaczewskiej 2a (oficyna gmachu Wolnej Wszechnicy Polskiej) kierowana przez prof. Jana Rostafińskiego, oraz Prywatne Liceum Rolnicze inż. Stanisława Wiśniewskiego przy ul. Pankiewicza 3. W szkołach tych oraz na tajnych kompletach wykładali profesorowie Wydziału Ogrodniczego SGGW: Emil Chroboczek, Włodzimierz Gorjaczkowski, Michał Korczewski, Franciszek Majewski, Edmund Malinowski, Wincenty Siemaszko oraz wykładowcy: Roman Kobendza, Józef Kochman i Eugeniusz Pijanowski.
W 1944 część mienia Instytutu została wywieziona do Niemiec. W czasie Powstania nastąpiły dalsze zniszczenia, m.in. spalenie budynku przy ul. Miodowej. Po Powstaniu wielu pracowników SGGW z Warszawy znalazło schronienie w Skierniewicach.