13 października 1961 książę został jednak zamordowany przez greckiego zabójcę wynajętego przez przywódców konkurencyjnej Parti Démocrate Chrétien (PDC)Wiele dowodów wskazuje, że za zabójstwem Rwagasore mogła stać również belgijska administracja kolonialna, której miejscowe kierownictwo postrzegało UPRONA jako partię radykalnie nacjonalistyczną, antybelgijską i prokomunistyczną. Patrz: .. Śmierć Rwagasore nie tylko pozbawiła kraj charyzmatycznego i cieszącego się szerokim poparciem przywódcy, lecz również zaprzepaściła ponadetniczny konsensus zbudowany przez niego w okresie walki o niepodległość. W międzyczasie wieści o krwawej rewolucji w sąsiedniej Rwandzie spowodowały wzrost antagonizmów etnicznych w Burundi. Elity Tutsi panicznie obawiały się bowiem możliwości powtórzenia się rwandyjskiego scenariusza, podczas gdy politycy Hutu uświadomili sobie, że szerzenie idei republikańskich może im umożliwić uzyskanie pełnej i niepodzielnej władzy w państwie. Destabilizujący wpływ na sytuację w Burundi miał zwłaszcza napływ blisko 50 tys. uchodźców Tutsi z Rwandy, którzy podsycali wrogość wobec Hutu wśród swoich burundyjskich pobratymców.