Podczas wielkiego oblężenia wyspy przez Turków w 1565 działalność trybunału została jednak zawieszona, a po śmierci Cubellesa w 1566 nastała kilkuletnia sediswakancja na stanowisku biskupa i inkwizytora, zakończona mianowaniem w listopadzie 1572 nowego biskupa Martina Royasa, który kilka miesięcy później również został inkwizytorem. mały|150px|Fabio Chigi (późniejszy papież Aleksander VII) był w latach 1634–39 inkwizytorem Malty Połączenie stanowisk biskupa diecezjalnego i inkwizytora oznaczało, że biskup w sprawach dotyczących wiary uzyskał jurysdykcję nad rycerzami zakonnymi, to zaś oznaczało wzmocnienie jego pozycji. Z tego względu władze zakonu dążyły do zmiany tego stanu rzeczy i w końcu odniosły sukces. W 1574 papież Grzegorz XIII rozdzielił obie funkcji i mianował Pietro Dusinę, dotychczasowego wikariusza archidiecezji neapolitańskiej, inkwizytorem i delegatem apostolskim na Malcie. Od tej pory wszyscy kolejni inkwizytorzy maltańscy byli także delegatami, czyli przedstawicielami dyplomatycznymi Stolicy Apostolskiej na wyspie.