Inkwizycja na Malcie została zniesiona w roku 1798 w wyniku zajęcia wyspy przez wojska rewolucyjnej Francji. Już 26 maja 1798 inkwizytor Giulio Carpegna opuścił wyspę z uwagi na spodziewaną inwazję francuskiej floty. W następnym miesiącu Francuzi faktycznie zajęli Maltę i 13 lipca 1798 okupacyjne władze wydały dekret o rozwiązaniu sądów kościelnych, w tym inkwizycji.
Organizacja Na czele trybunału stał inkwizytor, który od 1574 był zawsze jednocześnie delegatem apostolskim, czyli papieskim przedstawicielem dyplomatycznym, stojącym w hierarchii o stopień niżej niż nuncjusz apostolski. Funkcję tę sprawował zawsze świecki duchowny, niekoniecznie jednak ksiądz. Wielu maltańskich inkwizytorów było zwykłymi klerykami. W jednym przypadku zdarzyło się, że urzędujący delegat apostolski i inkwizytor został wyświęcony na biskupa (w 1635 Fabio Chigi został biskupem Nardo). Z reguły inkwizytorzy wywodzili się z wyższych warstw społecznych. Rezydencja inkwizytora znajdowała się w okazałym pałacu koło kościoła św. Wawrzyńca w porcie Birgu.
Głównym pomocnikiem inkwizytora był asesor. Na sąsiadującej z Maltą wyspie Gozo inkwizytora reprezentował zastępca, tytułowany jako komisarz albo proinkwizytor. Wielu mieszkańców wyspy należało do grona zauszników trybunału (tzw.