Wikariusz Kongregacji przejął prawo mianowania inkwizytorów bolońskich. W 1531 Kongregacja ta została przekształcona w regularną prowincję Obojga Lombardii, podczas gdy Lombardię Dolną zredukowano do rangi wikariatu i odsunięto od sprawowania funkcji inkwizytorskichTavuzzi, s. 12-14, 21-27, 209..
W XV wieku działalność inkwizycji bolońskiej koncentrowała się na zwalczaniu nekromancji, głównie wśród duchownychTavuzzi, s. 115.. W 1452 wybudowano nowe więzienie dla przetrzymywania podejrzanych, które następnie rozbudowano w 1472 i 1482Tavuzzi, s. 32.. Najbardziej spektakularnym wydarzeniem w tym okresie było spalenie w 1498 zielarki Gentile Cimitri, którą oskarżono o spowodowanie śmierci syna Giovanniego Bentivoglio, lorda BoloniiTavuzzi, s. 115-117..