Najbardziej znanym epizodem z tego okresu jest sprawa odebrania w 1858 roku żydowskim rodzicom w Bolonii kilkuletniego syna Edgardo Mortary, który został ochrzczony przez niańkę. Prawo kościelne w takim przypadku nakazywało, że ochrzczone dziecko musi się wychowywać wśród chrześcijan. Nakaz odebrania rodzicom Edgardo Mortary wydał inkwizytor Bolonii Pier Gaetano Feletti. Sprawa ta odbiła się szerokim echem w międzynarodowej prasie i negatywnie wpłynęła na wizerunek Stolicy Apostolskiej.
Trybunał boloński został definitywnie zniesiony po zajęciu Bolonii przez jednoczące Włochy wojska królestwa Sardynii w 1859. Dekret o jego likwidacji został wydany 14 listopada 1859Fasti legislativi e parlamentari delle rivoluzioni italiane nel secolo XIX., s. 814..
Organizacja Siedziba trybunału znajdowała się w dominikańskim konwencie S. Domenico w BoloniiTavuzzi, s. 31-32. Jurysdykcji inkwizytora podlegała diecezja bolońskaTavuzzi, s. 110.. Na prowincji reprezentowany był przez wikariuszy rejonowych, wywodzących się zwykle spośród zakonników, ale niekiedy także z kleru diecezjalnego. Pod koniec XVII wieku obszar jurysdykcji inkwizycji bolońskiej podzielony był na siedemnaście wikariatów rejonowych1. Bagni della Porretta; 2. Vergato; 3. Scaricalsino; 4. Baragazza e Castiglion dei Gatti; 5. Monteveglio e Montemaggiore;