W latach 1619–1622 inkwizytor Paolo Vicari prowadził proces w sprawie szeregu aktów świętokradztwa (zwł. niszczenia świętych obrazów), jakie miały miejsce w mieście. W rezultacie czterech sprawców tych czynów zostało skazanych na śmierć i straconychBattistella, s. 114-116..
Boloński trybunał został po raz pierwszy zniesiony 24 czerwca 1796 przez francuskiego generała Augereau, który kilka dni wcześniej zajął Bolonię na czele wojsk rewolucyjnej Francji. Decyzja francuskiego generała została potwierdzona przez senat boloński 6 czerwca 1798. W tym czasie wiele dokumentów archiwalnych inkwizycji bolońskiej zostało zniszczonych lub uległo rozproszeniuTavuzzi, s. 33.
W 1815 Bolonia, na mocy postanowień kongresu wiedeńskiego, ponownie znalazła się w granicach Państwa Kościelnego, jednak w międzyczasie wiele dóbr kościelnych (zwł. zakonnych) znalazło się w rękach świeckich. Ten los spotkał m.in. konwent S. Domenico, który skonfiskowano na cele publiczne. Dopiero w 1824 dominikanom udało się odzyskać konwent i w grudniu tego roku papież Leon XII odnowił w Bolonii trybunał inkwizycji, który jednak nie przejawiał zbyt dużej aktywności.