Kluczową formalną płaszczyzną współpracy członków Unii ze Związkiem Zborów Słowiańskich Baptystów w Polsce było zarejestrowane w 1923 Stowarzyszenie Wzajemnej Pomocy Baptystów, które było właścicielem wielu nieruchomości baptystycznych w Polsce i inwestorem obiektów sakralnych. Czołowymi jego działaczami byli Stefan Bortkiewicz, Adolf Horak, Gustaw Horak, Karol Władysław Strzelec, Julian Lohrer, Bronisław Spałek.
Zajęcie Polski w 1939 przez III Rzeszę i Związek Radziecki przerwało działalność Unii. Na ziemiach polskich wcielonych do Rzeszy zbory członkowskie Unii stały się częścią Bund der Baptistengemeinden in Deutschland (Związku Zborów Baptystów w Niemczech), którego działalność - jak należy mniemać - rozszerzyła się także na inne tereny państwa polskiego pod okupacją hitlerowską. Zbory należące w II Rzeczypospolitej do Unii na terenach zajętych przez ZSRR ostatecznie stały się częścią do utworzonej z woli KPZR Ogólnozwiązkowej Rady Ewangelicznych Chrześcijan-Baptystów.