Po II wojnie światowej zbory Unii, które kontynuowały działalność stały się częścią Polskiego Kościoła Chrześcijan Baptystów, który także przejął część majątku pozostałego po zborach Unii. Następcą prawnym Unii i jego jednostek organizacyjnych jest zgodnie z art. 4 ustawy z dnia 30 czerwca 1995 roku o stosunku Państwa do Kościoła Chrześcijan Baptystów w Rzeczypospolitej Polskiej tenże Kościół.
Ustrój Unia składała się z trzech zjednoczeń regionalnych: Zjednoczenie Wielkopolskie, Zjednoczenie Byłej Kongresówki i Zjednoczenie Wołyńskie. Zjednoczenia składały się z lokalnych wspólnot wyznawców (zborów) samodzielnie powołujących swoich duszpasterzy i wybierających swoich przedstawicieli do konferencji Zjednoczenia i konferencji (walnego zgromadzenia) Unii. Konferencja Unii odbywała się co trzy lata i wybierała 9-osobowy Zarząd z prezesem na czeleZa: Statut Unii Zborów Baptystów Języka Niemieckiego w Polsce z 1928 r., [w:] Henryk Ryszard Tomaszewski, Wspólnoty chrześcijańskie typu ewangeliczno-baptystycznego na terenie Polski w latach 1858-1939, Warszawa 2006 , s. 218-220.. Łącznie odbyły się 4 konferencje Unii.