Wkrótce porzucił pracę w szpitalu dla wielogodzinnych badań laboratoryjnych w pomieszczeniu przekazanym do jego dyspozycji (spał w nim na podłodze; na wyżywienie wydawał 25 centów dziennie).
Doktorat i II wojna światowa Saunders znalazł się w Johns Hopkins University w roku 1941. Zamierzał studiować fizjologię i cytologię pierwotniaków, jednak pobyt rozpoczął się inaczej. Otrzymał od szefa laboratorium, Benjamina Williera, zbiór tekstów dotyczących obszaru zainteresowań Williera i jego współpracowników (m.in. histogeneza, cytogeneza, genetyka populacyjna, neurobiologia rozwoju, endokrynologia rozwoju), z dyspozycją, aby zapoznał się z nimi i sformułował własną propozycję kierunku potrzebnych badań. Okazało się, że w laboratorium nie są prowadzone formalne kursy akademickie, a studia ograniczają się do tematycznych seminariów. W czasie tych seminariów propozycje i osiągnięcia doktorantów są surowo oceniane przez Williera i jego współpracowników. Taką organizację zajęć ze studentami podyplomowymi Saunders uważał za wyjątkowo efektywny sposób przygotowania do samodzielnej pracy naukowej. Dla niego inspirujące stały się prace Williera i Mary E. Rawles, na temat rozwoju zarodków kurzych. Podjął samodzielne próby mikrochirurgicznych badań ich tkanek, po czym uzyskał akceptację planu badań przez Williera i pomoc Mary Rawles.