Realizację programu przerwała II wojna światowa.
W latach 1943–1946 John W. Saunders służył jako oficer US Navy na jednostkach uczestniczących w kilku bitwach wojny na Pacyfiku (w roku 1946 na USS Rocky Mount (AGC-3), okręcie flagowym United States Seventh Fleet w Qingdao, Chiny).
Okres powojenny W styczniu 1946 roku Saunders wrócił do Hopkins University i swoich badań rozwoju embrionów kurzych, a w roku 1948 obronił pracę doktorską. Jej wyniki zaprezentował po raz pierwszy na sympozjum Chicago Zoological Society, gdzie zostały uznane przez prowadzącego obrady Paula Weissa (specjalisty w dziedzinie biologii rozwoju, pioniera transplantologii) za jedno z największych osiągnięć embriologii doświadczalnej w okresie ostatnich 50 lat. Otrzymał zaproszenie do pracy w laboratorium Weissa w University of Chicago.
Po rocznej pracy w laboratorium Weissa zdecydował się na przeniesienie do Marquette University (MU) w Milwaukee (Wydział Biologii), gdzie otrzymał wynagrodzenie umożliwiające zakup domu i sprowadzenie rodziny. Zajmował stanowisko profesora biologii w latach 1949–1965, a od roku 1958 kierował w MU Wydziałem Biologii. W tym samym okresie (1958–1963) wykładał również w Marine Biological Laboratory (MBL).