22 stycznia podjęto także próbę wysłania skazanego jako wojennego trofeum do Konstantynopola, stolicy, od której Algier był zależny. Przekazanie Franciszka miałoby być dowodem na to, że Algier kontroluje konflikt z Cuco. Próba ta jednak nie powiodła się ze względu na uporczywe żądania olbrzymiego okupu. Rada miasta wydała wyrok śmierci 24 stycznia 1603 roku świadoma uprzedniej pomyłki co do tożsamości więźnia. Uznano, że ukradł czterech niewolników i był szpiegiem. Franciszek nie wyparł się wiary. Odmówiono mu możliwości spowiedzi.

Wyrok wykonano 25 stycznia 1603 roku in odium fidei. Według relacji świadków ubrany w tunikę i z łańcuchem na szyi przeszedł główną ulicą miasta wśród krzyków i obelg ze strony mieszkańców. Modlił się głośno recytując Pieśń trzech młodzieńców w piecu ognistym. Został obdarty żywcem ze skóry, która wypchana słomą została wystawiona w bramie miasta. Chrześcijanie zebrali małe fragmenty jego ciała, aby je chronić jako relikwie. Niektóre z nich dotarły do Włoch, a według tekstu z 1605 roku na Sycylię przewieziono rękę oraz skórę ramienia męczennika. Obecnie nie wiadomo, gdzie się znajdują. Kuzyn Franciszka zdołał odzyskać wolność i pochować okaleczone ciało krewnego.