Wydano obwieszczenie ograniczające wolność chrześcijan. Franciszek znalazł się w trudnej sytuacji, gdyż przy aresztowanym renegacie z Cuco znaleziono listy brata Matteo do Franciszka i innych chrześcijan. Przezornie pozostał z dala od miasta. Wrócił do Cuco prowadząc ze sobą czterech chrześcijan uwolnionych z gospodarstw rolnych w okolicy Algieru. Nie mogąc prowadzić dalszych działań na rzecz kuzyna został pomocnikiem brata Matteo.
Konflikt pomiędzy Cuco a Algierem nasilał się. Król Cuco odniósł zwycięstwo w bitwie z wojskiem Algierii, o którym chciał poinformować króla Hiszpanii. Franciszkowi powierzono dostarczenie listu do Filipa III. Został jednak zdradzony – prawdopodobnie w drodze do portu opuściła go eskorta mająca chronić przed zasadzkami algierskich żołnierzy i wpadł w ręce wroga. Z relacji hiszpańskiego niewolnika wiadomo, że został odarty z szat, pobity, zakuty w łańcuchy, a 6 stycznia 1603 roku wtrącono go do więzienia w Algierze. Spotkał tam innych chrześcijan, ale ponieważ omyłkowo wzięto go za brata Matteo został odizolowany i wyznaczono za niego olbrzymi okup. Dwukrotnie odwiedził go kuzyn Franciszek Sarro, który w czasie długiego pobytu w więzieniu nauczył się arabskiego. Kuzyn poinformował go, że został skazany na śmierć.