Od czerwca 1942 do stycznia 1943 kierował Wydziałem Legalizacji Oddziału I Organizacyjnego Komendy Głównej AK. Następnie pracował w Wydziale Piechoty i Wyszkolenia Oddziału III Operacyjnego KG AK. W listopadzie 1943 został awansowany do stopnia podporucznika czasu wojny. Od stycznia 1944 organizował, a następnie kierował Wojskowym Instytutem Wydawniczym.
W czasie powstania warszawskiego, w dniu 5 sierpnia 1944 został zastępcą komendanta kwatery Głównej Komendy Okręgu Warszawskiego AK. 25 września 1944 awansowany do stopnia porucznika czasu wojny, 29 września 1944 mianowany zastępcą szefa wywiadu ofensywnego Oddziału II Okręgu Warszawskiego AK. 30 września 1944 uczestniczył w rozmowach kapitulacyjnych prowadzonych przez płk. Karola Ziemskiego z dowództwem niemieckim.
Emigracja Po kapitulacji przebywał do maja 1945 w niewoli niemieckiej. W listopadzie 1945 powrócił potajemnie do Polski, ale w grudniu 1945 przedostał się wraz z żoną do brytyjskiej strefy okupacyjnej w Niemczech. Od tego czasu używał nazwiska "Jerzy Ścibor". W styczniu 1946 został oficerem kontraktowym w Sekcji Prasowej Plutonu Opieki nad Żołnierzami 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej, redagował pismo "Spadochron". 15 lipca 1946 został awansowany do stopnia kapitana.