Ekologia Pierwotnie ibis czubaty gniazdował na nizinach; średnia wysokość miejsc lęgowych wynosiła 250 m n.p.m. W latach 70. XX w. ibisy przeniosły się w wyższe, bardziej niedostępne partie Chin, by dekadę później powrócić na niższe wysokości. Środowiskiem życia tego ptaka są bagna, przebywa również w okolicach rzek, strumieni i zbiorników wodnych; zamieszkuje także pola ryżowe i inne pola uprawne – zawsze w bliskości zadrzewień lub lasów. W okolicy jeziora Chanka ptaki budowały gniazda na drzewach porastających małe wysepki rozsiane po okolicznych mokradłach. W Japonii ptak przebywał wśród niskich, lesistych pagórków, z niedużymi akwenami, bagnami i polami, a gniazdował na sosnach i kasztanowcach. Drzewa służą także ptakom do odpoczynku. Z badań przeprowadzonych w roku 1999 na jednej z populacji środkowochińskich wynika, że przedstawiciele N. nippon preferują lasy z sosną Massona (Pinus massoniana) i lasy dębowo-brzozowe. Rzadziej wybierają lasy mieszane, zaś wyjątkowo gnieżdżą się w lasach z przewagą Cupressus funebris i sosny chińskiej (Pinus tabuliformis). W Japonii na wyspie Sado, w środowisku zamieszkiwanym przez N. nippon rośnie Quercus serrata i kryptomeria japońska (Cryptomeria japonica). Według danych z lutego 2014 po reintrodukcji ibisy przebywają na polach ryżowych, także tych nawadnianych.