Pod koniec XIX stulecia ten gatunek można było spotkać w całej Japonii z wyjątkiem wysp Riukiu.
W zimie ptaki wędrowały na Półwysep Koreański i na Tajwan.
Zasięg obecny BirdLife International (2014) szacuje całkowity pozostały zasięg występowania na 2,8 tys. km² (nie uwzględnia reintrodukcji). Obejmuje obszar we wschodniej części prowincji Shaanxi w górach Qin Ling, w powiecie Yang. Odkrytą tam populację (patrz: sekcja „Status zagrożenia”) odnaleziono na południowych zboczach gór, na wysokości 1200–1400 m n.p.m., w stosunkowo mało zmienionym przez człowieka otoczeniu. Podczas spisu ptaków w październiku 2012 wykazano ibisa czubatego z 10 powiatów; 97% ptaków zamieszkiwało powiat Yan. Według danych z 1999 obszary lęgowe ibisów czubatych leżą na wysokości 470–1300 m n.p.m.
Od maja 2007 po ponownym wprowadzeniu na dawne tereny N. nippon bytuje w powiecie Ningshan, zaś od października 2013 w Henan. Ptaki zostały także reintrodukowane na Sado w Japonii w 2008. Zarówno na Sado, jak i w Shaanxi nie odbywają wędrówek.