Każdy nowy opat był wybierany według z góry określonego porządku spośród prowadzących każdą z tych filialnych świątyń. Ten system wspólnego zarządzania zabezpieczał finansowy rozwój klasztoruWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. Str. 101.
Jednak w 1379 roku system powodujący nieustanny rozwój Yōkō-ji finansowanego przez politycznych patronów i prowadzonego rotacyjnie przez bezpośrednich uczniów Keizana przestał działać. Następnych dziesięciu opatów klasztoru było uczniami Meihō Sotetsu. Była to właściwie schizma, która odcięła ten klasztor od wsparcia przez inne linie przekazu. Nie jest znana dokładna przyczyna i natura tej schizmy, gdyż dokumentacja wydarzenia jest fragmentaryczna, a w dodatku intensywna rywalizacja pomiędzy Yōkō-ji a Sōji-ji, która kontynuowana była w okresie Tokugawa spowodowała, że oba klasztory sfabrykowały sprzeczne i często fałszywe sprawozdania z wydarzeńWilliam M. Bodiford. Sōtō Zen in Medieval Japan. Str. 100, 101.