Mimo sławy de L’Épée pozostał ubogi. Zmarł w grudniu 1789 roku. Został pochowany w Kościele Św. Rocha w Paryżu.
Uhonorowanie i upamiętnienie W roku 1791 – dwa lata po śmierci de L’Épéego, lecz jeszcze przed zdobyciem Bastylii i powstaniem Komuny Paryża (zob. 10 sierpnia 1792) – nowe władze Francji nadały paryskiej szkole dla głuchych status Institution Nationale des Sourds-Muets. Postanowiono również wpisać nazwisko de L’Épéego na listę „dobroczyńców ludzkości”.
W roku 1838 w kościele św. Rocha ustawiono na grobie de L’Épéego pomnik z brązu. Jego pomniki ustawiono również m.in. przed Instytutem Głuchoniemych w Paryżu, na placu Saint-Louis w Wersalu, przed St. Mary’s School for the Deaf w Buffalo (stan Nowy Jork).
Współcześnie Światowa Federacja Głuchych (ang. World Federation of the Deaf) honoruje de L’Épéego tytułem Father of Deaf Education. Głusi domagają się przeniesienia jego prochów do Panteonu (prochy Louisa Braille’a, zasłużonego dla niewidomych, umieszczono w Panteonie w roku 1952).
Postać Charles’a-Michela de L’Épée pojawia się we francuskim filmie Śmieszność z roku 1996 (tę rolę gra Jacques Mathou).