W 1638 roku biskup krakowski Jakub Zadzik, wojewoda sandomierski Jerzy Ossoliński mianowany wówczas podkanclerzym i nuncjusz papieski Honorato Visconti wykorzystując sprawę rzekomego sprofanowania przydrożnego krzyża doprowadzili do nakazu zniszczenia wszystkich instytucji ariańskich w Rakowie. Na mocy wyroku sądu sejmowego, zamknięto Akademię Rakowską, zlikwidowano także dom wydawniczy i wydano natychmiastowy nakaz zburzenia zboru w Rakowie. Córka Jakuba Sienieńskiego, Aleksandra Wiszowata, która po śmierci ojca w 1638 odziedziczyła Raków, przeszła niebawem z arianizmu na katolicyzm i oddała budynek zborowy katolikomW. Urban, Znaczenie Rakowa w siedemnastowiecznym ruchu ariańskim, [w:] Raków ognisko arianizmu, pod red. S. Cynarskiego, Kraków 1968, s. 213.J. Tazbir, Zagłada ariańskiej stolicy, [w:] Arianie i katolicy, Warszawa 1971, s. 41 - 42..
Ostatecznie świątynia ariańska przestała istnieć w 1640, kiedy na jej miejscu rozpoczęto wznoszenie kościoła katolickiego z fundacji biskupa Jakuba ZadzikaJ. Wiśniewski, Dekanat Opatowski, Radom 1907, s. 376..