W nocy z 7 na 8 października 1942 patrole saperskie Armii Krajowej w ramach akcji dywersyjnej „Wieniec” wysadziły w powietrze tory kolejowe dookoła Warszawy wykolejając kilka pociągów i paraliżując niemieckie transporty wojskowe. W odwecie hitlerowcy zamordowali 89 więźniów Pawiaka. Pięćdziesięciu z nich zostało straconych przez powieszenie w dniu 16 października, przy czym dziesięć ofiar powieszono na terenie stacji.
Opis Układ torowy Stacja posiada połączenie ze stacją Warszawa Zachodnia.
Grupę torów przyjazdowych stanowią tory o numerach 3, 5, 7, 9, 11, 13 i 15. Wszystkie tory z wyjątkiem torów numer 13 i 15 są zelektryfikowane. Grupa torów postojowych składa się z 30 torów, wśród których są częściowo niezelektryfikowane tory odjazdowe. Sieć trakcyjna zasilana jest z Podstacji Trakcyjnej Warszawa Zachodnia.
Tor numer 155 był wyposażony w myjnię, która nie posiadała własnej oczyszczalni ścieków, w związku z czym nie spełniała norm ochrony środowiska i została zdemontowana.