Eksploatacja PKP Intercity thumb|Wagony PKP Intercity na terenie stacji Obiekt pierwotnie przeznaczony był do obsługi składów pociągów dalekobieżnych, stąd jego układ torowy jest rozbudowany. Na stacji odbywał się wzmożony ruch w wyniku obsługi pociągów kończących bieg z kierunku wschodniego i północno-wschodniego na stacji Warszawa Zachodnia. W związku z przeniesieniem części prac serwisowych do stacji Warszawa Grochów przewoźnik wykonywał znacznie mniej zadań. Operator użytkował tory o numerach 2, 3, 4, 5, 6, 8, 66, 68, 70 i 78 oraz rozjazdy o numerach 1, 2, 3, 4, 5, 8, 9, 10, 800, 802, 111, 112, 130, 40, 41, 42 i 43.
W 2008 PKP Intercity pierwszy raz poinformowały, że planują opuścić teren obiektu. Uznano, że do obsługi taboru wystarczająca będzie stacja Grochów. W 2011 dzierżawą terenu zainteresowała się SKM Warszawa. PKP IC oddając teren chciały również przekazać opiekę nad zabytkowymi budynkami znajdującymi się na stacji, na co nie zgadzała się SKM. Ostatecznie 1 czerwca 2012 przewoźnik przekazał większość terenu stacji SKM, a 1 stycznia 2014 całkowicie zakończył eksploatację obiektu.