W tym samym roku przedsiębiorstwo podjęło decyzję o gruntownej modernizacji obiektu oraz uzyskało na nią zgodę od właściciela stacji, którym jest m.st. Warszawa.
Wiedząc, że z końcem 2013 PKP Intercity opuszczą teren stacji, w czerwcu 2013 przedsiębiorstwo rozpoczęło przygotowania do obsługi całej stacji będącej zapleczem i bocznicą kolejową przewoźnika. Wtedy również ruszyły przygotowania do kompleksowej modernizacji obiektu, która miała kosztować ponad 33 mln zł i zakończyć się w 2016. We wrześniu 2013 podpisano umowę z przedsiębiorstwem WS Atkins Polska pełniącym funkcję inwestora zastępczego, którego zadaniem było przygotowanie przetargu i wybór wykonawcy modernizacji w formule „projektuj i buduj”.
Od 1 stycznia 2014 przewoźnik jest jedynym użytkownikiem obiektu. Pod koniec czerwca 2014 zakończono pierwszy etap konkursu na modernizację, do którego przystąpiło pięć przedsiębiorstw.