Del Col, s. 160..
W XV wieku i na początku XVI wieku urząd inkwizytora Toskanii stał się najprawdopodobniej prestiżową, ale niewiele znaczącą synekurą. Najbardziej znaczącym epizodem z tego okresu był proces dominikańskiego kaznodziei Girolamo Savonaroli w 1498, który został spalony na stosie za krytykowanie papieża Aleksandra VI. Proces ten przeprowadził jednak nie inkwizytor Florencji, lecz dwóch sędziów delegowanych specjalnie przez papieżaLea, II, s. 281-283; Del Col, s. 146-147, 172-175, 197..
Okres nowożytny W związku z rozwojem reformacji w pierwszej połowie XVI wieku papież Paweł III w 1542 utworzył Kongregację Rzymskiej i Powszechnej Inkwizycji, która miała być organem centralnym koordynującym działania lokalnych trybunałów inkwizycyjnych we Włoszech. Krótko potem doszło do reorganizacji inkwizycji w rządzonej przez Medyceuszy Toskanii. W grudniu 1551 roku Juliusz III, na żądanie księcia Kosmy I, mianował trzech komisarzy Inkwizycji Rzymskiej, którymi zostali: benedyktyn Isidoro da Montauto, wikariusz arcybiskupa Florencji Nicolò Duranti oraz prepozyt florencki Alessandro Strozzi.