Rok później we Florencji odbyło się wielkie auto da fe, w czasie którego wiele osób podejrzanych o przynależność do sekty anabaptystów wyrzekło się swych poglądów i pojednało się z KościołemAdriano Prosperi, Firenze, [w:] Dizionario storico dell’Inquisizione, Piza 2010, s. 605-607.. W 1560 we Florencji ustanowiona została stała nuncjatura Stolicy Apostolskiej. Nuncjusz był od tej pory głównym łącznikiem między inkwizytorami Toskanii a Kongregacją Świętego Oficjum w Rzymie. W 1566 wielki książę Toskanii Kosma I Medyceusz wyraził zgodę na ekstradycję do Rzymu Pietro Carnesecchiego, jednego z liderów włoskiej reformacji. W tym samym czasie też papież Pius V odwołał komisarzy mianowanych przez Juliusza III i przywrócił pełnię uprawnień franciszkańskim inkwizytorom. W 1572 po raz pierwszy nominacji na urząd inkwizytora Florencji dokonała Kongregacja Świętego Oficjum (został nim Francesco da Pisa). Dwa lata później władze zakonu franciszkanów konwentualnych definitywnie utraciły prawo nominacji inkwizytorskich na rzecz Kongregacji.