W 1636 r. został członkiem, w 1643 starszym cechu browarników. Po śmierci ojca w 1653 r. odziedziczył kamienicę przy Korzennej 55 i jego browar. Gdy w 1653 r. zmarła jego matka, odziedziczył po niej browar przy ulicy Piwnej. Pierwsza żona Heweliusza zmarła w 1662 r. Półtora roku później ożenił się powtórnie z młodszą o 36 lat Elżbietą Koopman. Jej rodzice przybyli do Gdańska z Amsterdamu, byli majętni – posiadali położone pod Gdańskiem miejscowości Otomin i Sulmin. Elżbieta nie tylko prowadziła dom, ale także aktywnie pomagała Heweliuszowi w pracy naukowej. Mieli czwórkę dzieci: syna Jana Adeodata (w 1664, zmarł w 1665) oraz trzy córki Katarzynę Elżbietę (w 1666), Julianę Renatę (w 1668) i Florę Konstancję (w 1672).
W 1664 r. Heweliusz został wybrany pierwszym w historii zagranicznym członkiem londyńskiego Royal Society.
W 1641 r. Jan Heweliusz został ławnikiem Starego Miasta, a w 1651 roku, został rajcą (radnym) tej części miasta. Zasiadł w Radzie Głównego Miasta, gdzie rajcy staromiejscy dysponowali jednym głosem. W Radzie zajmował się sądownictwem, opieką lekarską i szpitalnictwem. Jako rajca Starego Miasta korzystał z rocznej pensji w wysokości 300 talarów, godność tę piastował aż do śmierci.