W kolejnych latach prowadził różnego rodzaju obserwacje – planet, zaćmień, libracji Księżyca. W 1656 r. ukazała się Rozprawa o rzeczywistej postaci Saturna, w której próbował rozwikłać zagadkę jego wyglądu, ale odgadnąć istnienia pierścieni Heweliusz nie zdołał. W 1662 wydał pracę Merkury widoczny na Słońcu (Mercurius in sole visus Gedani, anno christiani 1661), relacjonującą tranzyt Merkurego. Wyznaczył przy tym kątową średnicę Merkurego.
thumb|Strona z dzieła Cometographia thumb|Rysunki polemoskopu wczesnego rodzaju peryskopu wynalezionego przez Heweliusza w 1637 W 1668 r. wydał dzieło Cometographia, w którym relacjonował własne obserwacje komet, jak również opisał ich pojawienia się od najdawniejszych czasów.
W 1670 r. niezależnie od Pera Anthelma odkrył najstarszą znaną nową – Nova 1670 Vulpeculae.