W nocy z 26 na 27 września 1679, gdy Heweliusz przebywał w swojej wiejskiej posiadłości, pożar zniszczył jego domy, obserwatorium z instrumentami, pracownię oraz drukarnię z niemal całym nakładem Machinae coelestis pars posterior. Heweliusz rozpoczął trwającą kilka lat odbudowę domów, ale już w 1680 r. obserwował kometę, a od 1682 prowadził stałe obserwacje. W 1685 r. wyszła kolejna praca Heweliusza Rok zwrotny (Annus Climactericus). W 1686 r. Heweliusz rozpoczął pracę nad katalogiem gwiazd i atlasem nieba, dane do których zbierał już od początku lat 50. Niestety, nie udało mu się tego dzieła dokończyć. Oba dzieła zostały wydane przez wdowę w roku 1690. Najdokładniejszy na ówczesne czasy katalog położeń gwiazd zawierał 1564 pozycje. Atlas ciał niebieskich został opublikowany dzięki finansowemu wsparciu Jana III SobieskiegoLeszek Podhorodecki, Sobiescy herbu Janina, Ludowa Spółdzielnia Wydawnicza, Warszawa 1984. i jemu też został zadedykowany. Atlas ten zawiera m.in. cytaty z atlasu Uług Bega.
Nadał nazwę faculae jasnym regionom wokół plam słonecznych nazywanych współcześnie pochodniami. Określił granice siedmiu wprowadzonych przez siebie nowych gwiazdozbiorów.