W XVIII i XIX w. liczba wiernych unickiej parafii w Radzyniu poważnie spadła, co wynikało z ograniczenia granic placówki i tworzeniem nowych parafii, jak również z przechodzeniem unitów na obrządek łaciński, postrzegany jako bardziej prestiżowy. Mimo to w I połowie XIX w. parafia funkcjonowała dobrze, a świątynia posiadała wiele cennych elementów wyposażenia. W latach 1784–1836 proboszczem w Radzyniu był kanonik Teodor Kaliński, ojciec ks. Jana Kalińskiego; z jego inicjatywy rozpoczęto prowadzenie księgi cudów przed obrazem Matki Bożej w ołtarzu głównym. Ks. Kaliński bezskutecznie starał się również o remont cerkwi, która od początku XIX w. była już w złym stanie technicznym i wymagała wymiany dachu, fundamentu oraz kopuły. W 1870 budynek faktycznie nie nadawał się do dalszego użytkowania.
W 1875, wskutek likwidacji unickiej diecezji chełmskiej, parafia radzyńska administracyjnie została włączona do Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. W miejscowości doszło do protestów wiernych, a ks. Antoni Szelemetko, został aresztowany i internowany w Siedlcach. Trzy lata później zniszczona cerkiew radzyńska została rozebrana. Z pozyskanego materiału wzniesiono szkołę w Zbulitowie.