II wojna światowa thumb|240px|left|Gen. Harold Alexander (z prawej), wraz z gen. Oliverem Leese i gen. Johnem Hardingiem, oglądają wieżę czołgu Pantera, która stanowiła element obrony linii Gotów, wrzesień 1944 r. Podczas II wojny światowej początkowo był dowódcą 1. batalionu Lekkiej Piechoty Somerset, z którym służył w Waziristanie i był wymieniony w sprawozdaniach (Mentioned in Despatches), zanim dołączył do personelu dowództwa Bliskiego Wschodu w październiku 1940 r., a następnie w grudniu został brygadierem Sztabu Generalnego Zachodnich Sił PustynnychHeathcote, op. cit., s. 169. Został komandorem Orderu imperium Brytyjskiego za usługi na tym stanowisku. Kiedy generałowie Richard O’Connor i Philip Neame zostali pojmani przez wroga w kwietniu 1941 r., Harding przejął tymczasowe dowództwo nad Zachodnimi Siłami Pustynnymi i już jako ich dowódca podjął decyzję o obronie TobrukuMead, op. cit., s. 192. Został awansowany do rangi pułkownika w dniu 9 sierpnia 1941 r. (ze starszeństwem od 1 stycznia 1941 r.), za co później otrzymał Order Wybitnej Służby.