Był to kontrast wobec licznych afrykańskich przywódców trzymających się władzy przez długie lata.
Do polityki powrócił dekadę później, gdy w wygranych wyborach prezydenckich w 2016 roku ponownie został przywódcą kraju. W pierwszej turze otrzymał 14,96% głosów i był jednym z trzech kandydatów, którzy weszli do drugiej tury. W drugiej turze zdobył 40,98% głosów zwyciężając z Mohamedem Ali Soilihim, który uzyskał 39,87% głosów i Mouignim Baraką, który zdobył 19,15% poparcia. Wobec procesu wyborczego padły oskarżenia o nieprawidłowości, krytykowano również przemoc polityczną.
W 2019 roku Assoumani zorganizował referendum dotyczące przedłużenia mandatu prezydenta z jednej pięcioletniej do dwóch. Funkcja ta w założeniu miała być rotacyjna między trzema wyspami. Zmiana ta była określana jako mogąca zburzyć kruchą równowagę sił ustanowioną w 2001 roku, której celem było zakończenie kryzysów separatystycznych i powstrzymanie cyklu zamachów stanu nękających kraj od czasu uzyskania niepodległości. W tym samym roku zwyciężył w wyborach prezydenckich zdobywając prawie 60% oddanych głosów. Wynik wyborów został odrzucony przez opozycję oraz poddany krytyce przez obserwatorów zagranicznych.