W latach 30. i 40. XX wieku utworzono kolejne instytuty badawcze, współpracujące z ministerstwami i uniwersytetami, zajmujące się: budownictwem, edukacją, zdrowiem, fizyką, matematyką, biologią i socjologią. Instytucja ściśle współpracowała z Akademią Nauk ZSRR.
W 1959 roku Komitet Nauk i Państwowy Uniwersytet Mongolski zostały połączone w Komitet Nauki i Szkolnictwa Wyższego, który rozwiązano w 1961 roku przy tworzeniu nowej Akademii Nauk. Mongolska Akademia Nauk w swej obecnej formie została powołana do życia dekretem prezydium Wielkiego Churału Państwowego w 1961 roku. Jej pierwszym Prezydentem został Badzaryn Szirendew. Współpraca z placówkami naukowymi ZSRR i krajów bloku wschodniego koordynowana była przez Radę Wzajemnej Pomocy Gospodarczej (RWPG). Do 1971 roku trzy czwarte naukowców mongolskich było zaangażowanych w badania nad rolnictwem, otwarto kolejne placówki badawcze. Kolejnymi prezydentami Akademii byli: Czojdogijn Ceren (1982–87), Namsrajn Sodnom (1987–91), Dumaadżawyn Baatar (1991–96), Baataryn Czadraa (1996–2009), Batboldyn Enchtüwszin (od 2009).