Nowy statut akademii został ustanowiony prawem w 1996 roku. Organami naczelnymi Akademii są Zgromadzenie Ogólne, Prezydium Akademii i Prezydent Akademii, który jednocześnie sprawuje funkcję głównego doradcy premiera i prezydenta Mongolii w sprawach nauki i technologii.
Członkowie Akademii oraz Prezydent Akademii wybierani są przez Zgromadzenie Ogólne. W 1991 roku zrezygnowano z członkostwa korespondencyjnego i od tego czasu przyznawane jest jedynie członkostwo rzeczywiste. Akademia ma 57 członków, w tym jedną kobietę.
Od 1961 roku Akademia wydaje co kwartał czasopismo naukowe „Proceedings of the Mongolian Academy of Sciences”, a od 1996 roku miesięcznik „Science”. Ponadto każdy z instytutów naukowych Akademii wydaje raz na rok własny zbiór publikacji.