Pod zaborami W latach 1795-98 parafia należy do dekanatu dokszyckiego w diecezji inflanckiej, posługuje w niej 3 kapłanów. W latach 1798–1849 parafia leży w dekanacie dziśnieńskim diecezji mińskiej. W 1812 r. kościół zajęły na skład żywności wojska napoleońskie. W powstaniu listopadowym brał udział ks. Tomaszewski z Głębokiego. W 1842 r. parafia posiadała filię w Oziercach. Od 1849 parafia znajdowała się w dekanacie dziśnieńskim diecezji wileńskiej, od 1925 archidiecezji wileńskiej.
Według kościelnej kroniki w 1851 r. parafia posiadała dwie filie: w Mamajach i Dimitrowszczyźnie.
Proboszcz ściśle współpracował z karmelitami bosymi. Po powstaniu styczniowym karmelici musieli opuścić Głębokie z powodu kasaty ich klasztoru. 28 marca 1862 roku miejscowi zakonnicy przekształcili swój kościół zakonny w filię kościoła parafialnego i przyłączyli do niej 840 wiernych. W ten sposób karmelici pozostali jeszcze w Głębokiem na kilka lat. Dopiero w 1865, pod naciskiem władz zaborczych, bp Krasiński zamknął tę „samowolnie” uczynioną filię. Karmelici bosi bezpowrotnie opuścili wtedy Głębokie.