Wówczas z kościoła poklasztornego do kościoła parafialnego przeniesiono uważany za cudowny słynący z łask obraz Matki Boskiej Podchórnej oraz figurę Jezusa Cierpiącego, która 10 sierpnia 1763 roku od godziny 17.00 do 22.00 miała „pocić się w cudowny sposób”.
W 1863 r. parafia posiadała kaplice: Wincentowo (dom), Dimitrowszczyzna (cmentarz), Ozierce i Kopciówka. Od 1866 r. istnieją jedynie dwie pierwsze.
W roku 1902 staraniem ks. Żery, a kosztem parafian rozpoczęła się gruntowna rozbudowa kościoła, zakończona w 1908. Nowe części kościoła poświęcił w 1908 roku ks. Jan Kurczewski, prałat kapituły wileńskiej, a zarazem znany historyk.
Po powstaniu styczniowym obowiązywał zakaz remontu pomieszczeń religijnych należących do wiernych obrządku rzymskokatolickiego, ale kościół głębocki miał na tyle spodobać się Cesarskiej Komisji Architektonicznej, że nie tylko zezwoliła na remont, lecz wyraziła zgodę na jego rozbudowę. Według innych źródeł faktyczną rozbudowę starano się ukryć przed władzami, przeprowadzając ją pod pozorem remontu.
W 1910 r. parafia nie posiadała kaplic filialnych.