Około 1221 kanonikom z Mortary nadany został dawny klasztor benedyktyński S. Pietro in Ciel d'Oro w Pawii, a kierownictwo nad nim przejął bezpośrednio prepozyt Mortary. W latach 1228–1229 papież Grzegorz IX, mimo protestów kanoników z Mortary, przeniósł główną siedzibę kongregacji do S. Pietro in Ciel d'Oro, wskazując na kryzys we wspólnocie w Mortarze, grożący rozłamem w kongregacji. W 1237 uregulowane zostały wybory opata S. Pietro i prepozyta Mortary, a rok później prepozytura w Mortarze odzyskała nominalny tytuł caput congregationis, jednak bez odbierania rzeczywistych prerogatyw przełożonemu z S. Pietro w Pawii.
Reformy Grzegorza IX przyniosły wewnętrzną stabilizację kongregacji, jednak konkurencja ze strony nowych zakonów żebraczych (dominikanie, franciszkanie) spowodowała zmniejszenie jej popularności, a w konsekwencji spadek liczebny. Mimo to, Kongregacja św. Krzyża pozostała jedną z nielicznych wspólnot kanonickich, które mimo oznak kryzysu zachowały pewną żywotność jeszcze w stuleciu XIV. W 1333 kanonicy regularni z Pawii założyli nową wspólnotę w Roudnicy w Czechach, a w 1402 zawiązali nową wspólnotę we Fregionaia koło Lukki, która stała się zaczątkiem nowej, prężnej kongregacji (zatwierdzonej w 1408, od 1446 zwana Kongregacją Kanoników Regularnych Laterańskich).