W latach 1576–1578 malował freski na suficie nowego zamku w Baden-Baden przedstawiające trzynaście alegorycznych postaci.
Peter Paul Rubens opisując jego drzeworyty, określił je jako szczególny klejnot naszej sztuki. Jego prace wywarły wpływ na szwajcarskich artystów z lat 1570–1580, m.in. na styl Daniela Lindtmayera.
Biblia sacra Veteris et Novi Testamenti, secundùm editionem vulgatam, Basileae: Thomam Guarinum – ilustracje; 1578; Astronomiczny zegar w Katedrze Najświętszej Marii Panny w Strasburgu – dekoracje zegara; 1574Grafika zegara z Metropolitan Museum.; Elogia virorum bellica virtute illustrium – praca Paola Giovia, do której Stimmer wykonał ilustracje; 1575, National Gallery of Art, Waszyngton; Autoportret – ok. 1563, tusz i akwarela, 19,7 × 15,0 cm, Schaffhausen, Museum zu Allerheiligen Schaffhausen Portret Jacoba Schwytzer i jego żony Elsbeth Lochmann – 1564, 191 × 66,5 cm, Muzeum Sztuki w Bazylei; Portret Sebastiana Muenstera – drzeworyt z książki Nikolausa Reusnera (1545–1602);