Flankując galerię organową, po obu stronach drzwi znajdują się dwa obrazy przedstawiające diakonów-męczenników: św. Stefana i św. Wawrzyńca, pędzla Giuseppe Calì. Poniżej obrazu św. Stefana znajduje się nisza z wizerunkiem Ecce Homo, zaś pod obrazem św. Wawrzyńca - wyrzeźbiona z litego dębu chrzcielnica datowana na 1693.
Stalle i apsyda Część prezbiterium za ołtarzem głównym została dobudowana rok przed budową kopuły, i jak ta ostatnia została zaprojektowana przez Lorenzo Gafà. Fundusze na budowę przekazał Cesare Passalacqua, opiekun i dobroczyńca kościoła. Jego portret znajduje się w zakrystii. Również wielki mistrz Nicolas Cotoner przekazał fundusze na budowę. Po bokach umieszczone są 22 drewniane stalle, po jedenaście z każdej strony. Jedna ze stall po lewej stronie ozdobiona jest herbem biskupim i okryta jest czerwonym aksamitem; jest to stalla, w której zasiada arcybiskup.
Po obu stronach ponad stallami wiszą dwa poziome płótna, namalowane przez Giuseppe Velasco z Palermo. Obraz po prawej stronie przedstawia Świętego Pawła uzdrawiającego chorych, zaś ten po lewej – Świętego Pawła przy łożu ojca namiestnika Malty Publiusza.