w 1939 roku liczyła 657 tysięcy woluminów. Wprowadzono katalog przedmiotowy, prowadziła prace naukowe i zorganizowała ośrodek dokumentacji lelewelowskiej.
W 1940 roku biblioteka została przejęta przez nowe władze litewskie, a w 1941 roku w jej księgozbiór wcielono zbiory humanistyczne biblioteki Uniwersytetu Kowieńskiego. W 1944 została przemianowana na Bibliotekę Naukową państwowego Uniwersytetu Wileńskiego Litewskiej SRR.
Biblioteka po 1945 roku i jej zbiory
Zbiory biblioteczne po 1945 roku w szybkim tempie powiększały się. W 1962 roku liczyły sobie ok. 2 milionów woluminów; w 2014 już 5,3 milionów. W jej zbiorach znajduje się liczna grupa poloników głównie tzw. leleweliów – kolekcję kartograficzną profesora uniwersytetu Joachima Lelewela. Najcenniejsze jednak dzieła stanowią zabytki literatury litewskiej: najstarsza istniejąca na Litwie drukowana książka – inkunabuł Rabana Mauro z 1467 roku;