Pomniejszymi księgozbiorami wchodzącymi w skład biblioteki były kolekcje rękopisów i starodruków z likwidowanych galicyjskich klasztorów (m.in. tynieckich benedyktynów i złoczowskich dominikanów). Pierwszą siedzibą biblioteki były zabudowania potrynitarskie nieopodal dawnej Bramy Krakowskiej oraz dawny kościół trynitarzy – późniejsza Cerkiew Przemienienia Pańskiego. We wnętrzach świątyni i w jej dwóch wieżach znajdowała się czytelnia, magazyn oraz sala prohibitów – ksiąg zakazanych (w jednej z wież). W kolejnych latach zbiory biblioteczne, będące pod nadzorem austriackich zarządców, zostały częściowo rozsprzedane lub rozgrabione. Dotyczyło to zwłaszcza polskich zabytków piśmiennictwa. Przykładem tego było sprzedanie za 15 koron Psałterza krakowskiego Hieronima Wietora. W 1835 roku stanowisko dyrektora biblioteki objął pierwszy Polak Franciszek Stroński, który położył kres takim praktykomFranciszek Stroński.